براساس جدول زمان‌بندی طراحی نقشه جامع علمی کشور، پیش‌نویس دوم نقشه در انتهای اردیبهشت ماه سال 1386 و براساس نتایج فعالیت کارشناسی کمیته‌­های تخصصی نقشه در مجموعه‌ای 100 صفحه‌ای ارائه گردید که در جلسات متعددی در کمیسیون تلفیق و تدوین و شورای تخصصی مورد اصلاح و تکمیل قرار گرفت و مقرر شد بخش‌هایی از آن نظیر سناریوهای علم و فناوری، تحلیل وضع موجود علم و فناوری کشور، اقدامات ملی متناظر با حوزه‌های مختلف علم و فناوری، تحلیل ، وضع موجود نگاشت نهادی حوزه علم و فناوری، پایش و اجرای نقشه، مبانی روشی و تعاریف، واژگان به پیوست‌های نقشه منتقل شده و مجموعه نهایی به صورت خلاصه جهت بررسی و تصویب در شورای عالی انقلاب فرهنگی آماده گردد. در نهایت پیش‌نویس سوم نقشه جامع علمی کشور جهت اظهار نظر اساتید و صاحب‌نظران به بیش از 500 مرکز دانشگاهی و حوزوی و تحقیقاتی ارسال گردید. در مرحله بعد 250 پیشنهاد ارسالی از سوی این مراکز مورد بررسی قرار گرفت و تا حد امکان موارد مناسب در متن نقشه اعمال گشت. سند مذکور پس از تهیه در سال 1386 برای تصویب به شورای عالی انقلاب فرهنگی ارائه گشت. شورا نیز پس از بحث و تبادل نظر بر روی آن و همچنین اصلاحات اساسی بر روی آن در نهایت سند نقشه جامع علمی کشور در بهمن سال 1389 درجلسه 679 شورای عالی انقلاب فرهنگی  به تصویب شورا رسید.